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1993年，《星际火狐》发售不久后，Argonaut Games便着手准备起了续作——也就是《星际火狐2》。游戏的故事延续了前作（讲述星际火狐队员对抗科学家安德罗斯的故事），但机制作出了极大的改变。《星际火狐2》是一款非线性的游戏，玩家拥有两艘飞船，可以去游戏里任何想去的地方，并与遭遇的其他飞船战斗。玩家还需要保卫柯内莉亚，防止它被摧毁。当时，宫本茂对《星际火狐2》这个项目非常支持，还说让他们放手去试验。在1995年的CES上，任天堂还展示了这款游戏，当年的杂志还刊载了他们公布的截图。不过人们没想到的是，任天堂不久之后就宣布取消《星际火狐2》的发售计划。
Argonaut Games前职员Dylan Cuthbert曾表示，在任天堂取消这个项目的时候，《星际火狐2》已经完成了大概95%。至于任天堂这样做的原因，他认为很可能和超任主机的两大竞争者有关。“在1995年的夏天，索尼PlayStation和世嘉土星在日本市场取得了很好的成绩”他说，“我觉得这让任天堂有点措手不及。他们做出这个决定（放弃《星际火狐2》），是因为他们不希望拿这样一部样貌古旧的3D作品跟那些画面更加精美的次世代作品相竞争。”而宫本茂在采访中也说过，《星际火狐2》的开发速度比他们预想的慢了一些，并且再过半年他们就会推出N64。他们担心，玩家们或许不会多花一些钱来玩这款游戏。
虽然《星际火狐2》没能按计划发售，但这款游戏的许多概念被任天堂用在了1997年发行的《星际火狐64》上。后来，Dylan Cuthbert离开了Argonaut Games，并创立了Q-Games。这家工作室的《星际火狐：命令》和《星际火狐64 3D》，同样借鉴了许多当年《星际火狐2》的创新设计，例如分屏多人模式、地图界面、多个可选角色等。宫本茂之前说过，他宁愿让人们玩一款《星际火狐》系列的新作，而不是让他们玩古老的《星际火狐2》。但对于许多玩家来说，迷你SFC/SNES上的《星际火狐2》是一款他们等了许多年的新游戏，是《星际火狐》的真正续作。不过，任天堂表示，玩家们必须通关《星际火狐》第一关后才能解锁《星际火狐2》。